2011 年春季,德国有数千人因一种致命疾病住院治疗,这种疾病最初是食物中毒并伴有血性腹泻,通常会导致肾衰竭。这是近代史上最致命疫情的开端,由一种神秘的细菌菌株引起,我们称之为 X 型大肠杆菌。很快,德国官员将疫情与吕贝克的一家餐馆联系起来,那里有近 20% 的顾客在一周内出现血性腹泻。此时,生物学家们知道,他们面对的是一种之前未知的病原体,传统的方法是不够的--需要计算生物学家来组装和分析这种新出现的病原体的基因组。 为了研究疫情菌株的进化起源和致病潜力,研究人员启动了一项众包研究计划。他们公布了一名患者的细菌DNA测序数据,这引起了四大洲的计算生物学家们的一阵分析热潮。他们甚至在项目中使用了 GitHub:https://github.com/ehec-outbreak-crowdsourced/BGI-data-analysis/wiki 2011 年德国疫情爆发是流行病学家与计算生物学家合作阻止疫情爆发的早期范例。在本在线课程中,您将跟随调查疫情的生物信息学家的脚步,开发一个程序,从数百万个大肠杆菌 X 基因组的重叠子串中组装出大肠杆菌 X 的基因组。

基因组组装编程挑战
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位教师:Neil Rhodes
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