本课程将介绍细菌基因组的全基因组测序（WGS）技术，该技术与医疗领域的关系日益密切。 全基因组测序技术和应用在国际政治议程中占据重要位置，因为传统方法正在被全基因组测序技术所取代，因此生物信息学工具对于让该领域的工作人员能够分析数据并获得可解释和用于不同目的的结果极为重要。本课程将为学员了解和熟悉 WGS 在细菌监测方面的应用奠定基础，包括物种鉴定、抗菌药耐药性和毒力特征的分型和表征以及质粒表征。本课程还将通过演示如何使用其中一些工具，以及学员利用免费提供的 WGS 分析工具解决的练习，为学员提供了解在线工具及其用途的机会。 在本课程结束时，您应该能够： 1.描述细菌分型的一般原则 2.举例说明全基因组测序在监测细菌病原体和抗菌药耐药性方面的应用 3.应用基因组工具进行亚型鉴定和监测 4.定义下一代测序的概念并描述 NGS 的测序数据 5.描述如何从原始读数到等位基因进行从头组装 6.列举物种鉴定、MLST 分型和抗性基因检测工具背后的方法 7.在其他细菌和病原体基因组的实际案例中应用物种鉴定、MLST 分型和抗性基因检测工具。描述沙门氏菌和大肠杆菌分型、质粒复制子检测和质粒分型工具背后的方法 9.9. 在其他细菌和病原体基因组的实际案例中使用沙门氏菌和大肠杆菌分型、质粒复制子检测和质粒分型工具。解释综合细菌分析管道的概念，并能使用该管道对基因组数据进行批量分析和分型 11.演示如何根据 SNPs 构建系统发生树 12.应用系统发生学工具构建系统发生树，并解释细菌或病原体菌株的亲缘关系 13.描述如何创建自己的序列数据库 14.利用 MyDbFinder 工具从全基因组测序中检测感兴趣的遗传标记