Oft kann die Funktion von Genen, die mit einem Gen unbekannter Funktion koexprimiert werden, uns Hinweise auf die Funktion dieses Gens geben. Forscher verwenden Koexpressionsanalysen jetzt oft als "primäre Screens", um "neue" Gene in biologischen Pfaden zu identifizieren (einige Beispiele sind in Usadel et al., 2009 beschrieben). Ein weiterer interessanter Aspekt ist die Frage, ob die Promotoren dieser Gruppen koexprimierter Gene gemeinsame cis-regulatorische Motive enthalten. In Teil A werden wir die Gene untersuchen, die gemeinsam mit At3g20300 exprimiert werden, und in Teil B werden wir nach gemeinsamen regulatorischen Motiven suchen.

Die Gene Ontology-Anreicherungsanalyse für eine Gruppe ko-exprimierter Gene ist oft nützlich, um herauszufinden, was diese Gruppe von Genen tut. Können wir durch solche Analysen mit einer Gruppe ko-exprimierter Gene auf eine Rolle für unser Gen mit unbekannter Funktion schließen? Wir werden diesen Aspekt in Teil A untersuchen, zusammen mit der Untersuchung möglicher Pfade, an denen die Genliste beteiligt ist. In Teil B werden wir andere Netzwerk-Tools verwenden, um zusätzliche Verbindungen zu anderen Genen zu untersuchen, die über die durch die Koexpression vorgeschlagenen hinausgehen. Es ist manchmal nützlich, auch diese zu untersuchen! Auch hier werden wir At3g20300 als Beispiel verwenden.

Jetzt werden wir die oben genannten Analysen nehmen und die Informationen daraus in einem Entwurf für einen Laborbericht/Aufsatz zusammenfassen, in dem wir die vermutete Funktion unseres Gens von Interesse mit unbekannter Funktion beschreiben. Wir werden uns auf die Literatur stützen, um zu beschreiben, was über verwandte Gene bekannt ist, und einige Experimente vorschlagen, um unsere Hypothesen über die mögliche Funktion unseres Gens zu testen.

Auf der Grundlage des Feedbacks aus den Peer-Reviews werden wir unseren Entwurf verfeinern, um einen endgültigen Bericht vorzulegen! Der Bericht sollte etwa 13-15 Seiten lang sein (doppelter Zeilenabstand), einschließlich der Abbildungen, die inline eingefügt werden sollten. In der Seitenzahl sind Methoden und Referenzen nicht enthalten (siehe Beispielaufsatz für das Format).