Bioinformatics Methods for Transcriptomics

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Bioinformatics Methods for Transcriptomics

Dozent: Liliana Florea, PhD

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Bei enthalten

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4 Module

Verschaffen Sie sich einen Einblick in ein Thema und lernen Sie die Grundlagen.

Stufe Mittel

Einige einschlägige Kenntnisse erforderlich

2 Wochen zu vervollständigen

unter 10 Stunden pro Woche

Flexibler Zeitplan

In Ihrem eigenen Lerntempo lernen

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Kompetenzen, die Sie erwerben

Kategorie: Bioinformatics
Kategorie: Molecular Biology
Kategorie: Data Visualization Software
Kategorie: Statistical Analysis

Werkzeuge, die Sie lernen werden

Kategorie: Command-Line Interface
Kategorie: Linux

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8 Aufgaben

Unterrichtet in Englisch

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In diesem Kurs gibt es 4 Module

This course will cover bioinformatics methods for analyzing transcriptomic RNA sequencing data generated with the short read (RNA-seq) and long read (PacBio, ONT) sequencing. In its four modules, the course addresses the core transcriptomics questions: What are the genes and transcripts expressed in a given sample or condition of an experiment?, What are their expression levels?, and What are the differences in gene expression and splicing patterns between conditions? It provides hands-on instruction on how to use popular and/or emerging tools such as STAR, PsiCLASS, DESeq2, rMATS, MntJULiP, Minimap2 and IsoQuant. This is an intermediate level course, and assumes basic knowledge on using command line bioinformatics tools in a Unix-type environment.

Das ist alles enthalten

13 Videos5 Lektüren2 Aufgaben

13 Videos Insgesamt 106 Minuten

Course Introduction 6 Minuten
Gene expression analysis of RNA-seq data 3 Minuten
Step 1: Downloading and Preparing the Data 9 Minuten
Step 2: Aligning the RNA-seq reads 11 Minuten
Step 3: Assembling the Genes and Transcripts, Part 1 11 Minuten
Step 3: Assembling the Genes and Transcripts, Part 2 11 Minuten
Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 1 3 Minuten
Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 2 11 Minuten
Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 3 6 Minuten
Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 4 10 Minuten
Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 5 13 Minuten
Step 5: Visualizing the Data, Part 1 4 Minuten
Step 5: Visualizing the Data, Part 2 9 Minuten

5 Lektüren Insgesamt 45 Minuten

Course Syllabus 10 Minuten
Virtual Environment Setup 10 Minuten
Coursera Manual and Technical Support 10 Minuten
List of software packages 10 Minuten
Forums for Module or Technical Questions 5 Minuten

2 Aufgaben Insgesamt 140 Minuten

Module 1 Graded Project 120 Minuten
Checks for Understanding: Module 1 20 Minuten

Das ist alles enthalten

24 Videos2 Aufgaben

24 Videos Insgesamt 155 Minuten

Introduction to alternative splicing (AS) analysis, Part 1 9 Minuten
Introduction to alternative splicing (AS) analysis, Part 2 4 Minuten
Introduction to alternative splicing (AS) analysis, Part 3 2 Minuten
Step 1: Preparing the input data 2 Minuten
Step 2: Isoform-level analysis with Cuffdiff2 11 Minuten
Step 3: Event-level analysis with rMATS, Part 1 10 Minuten
Step 3: Event-level analysis with rMATS, Part 2 3 Minuten
Step 3: Event-level analysis with rMATS, Part 3 8 Minuten
Step 4A: Intron-level analysis with MntJULiP, Part 1 10 Minuten
Step 4A: Intron-level analysis with MntJULiP, Part 2 8 Minuten
Step 4A: Intron-level analysis with MntJULiP, Part 3 5 Minuten
Step 4A: Intron-level analysis with MntJULiP, Part 4 7 Minuten
Step 4B: Intron-level analysis with MntJULiP II 8 Minuten
Step 5A: Intron retention analysis with IRFinder, Part 1 5 Minuten
Step 5A: Intron retention analysis with IRFinder, Part 2 2 Minuten
Step 5A: Intron retention analysis with IRFinder, Part 3 9 Minuten
Step 5B: Intron retention analysis with IRFinder II, Part 1 8 Minuten
Step 5B: Intron retention analysis with IRFinder II, Part 2 5 Minuten
Step 6A: AS visualization with IGV and Jutils I, Part 1 5 Minuten
Step 6A: AS visualization with IGV and Jutils I, Part 2 7 Minuten
Step 6B: AS visualization with Jutils II, Part 1 9 Minuten
Step 6B: AS visualization with Jutils II, Part 2 5 Minuten
Step 6B: AS visualization with Jutils II, Part 3 7 Minuten
Step 6B: AS visualization with Jutils II, Part 4 6 Minuten

2 Aufgaben Insgesamt 140 Minuten

Module 2 Graded Project 120 Minuten
Checks for Understanding: Module 2 20 Minuten

Das ist alles enthalten

14 Videos2 Aufgaben

14 Videos Insgesamt 105 Minuten

Introduction to transcriptomics with long RNA sequencing reads 6 Minuten
Preparing the input sequence data 5 Minuten
Aligning the long RNA sequencing reads, Part 1 9 Minuten
Aligning the long RNA sequencing reads, Part 2 6 Minuten
Building transcript models with FLAIR (align) 10 Minuten
Building transcript models with FLAIR 8 Minuten
Building transcript models with FLAIR (collapse), Part 1 7 Minuten
Building transcript models with FLAIR (collapse), Part 2 11 Minuten
Building transcript models with FLAIR (quantify) 6 Minuten
Building transcript models with IsoQuant, Part 1 10 Minuten
Building transcript models with IsoQuant, Part 2 5 Minuten
Building transcript models with IsoQuant, Part 3 9 Minuten
Visualizing transcript data with the IGV, Part 1 4 Minuten
Visualizing transcript data with the IGV, Part 2 10 Minuten

2 Aufgaben Insgesamt 140 Minuten

Module 3 Graded Project 120 Minuten
Checks for Understanding: Module 3 20 Minuten

Das ist alles enthalten

15 Videos2 Aufgaben

15 Videos Insgesamt 108 Minuten

Introduction to differential expression and splicing analysis with long read RNA sequencing 8 Minuten
Preparing the data - a review 4 Minuten
Differential gene and transcript expression (DESeq2), Part 1 12 Minuten
Differential gene and transcript expression (DESeq2), Part 2 9 Minuten
Differential splicing detection with short read tools (FLAIR drimSeq and DESeq2), Part 1 11 Minuten
Differential splicing detection with short read tools (FLAIR drimSeq and DESeq2), Part 2 9 Minuten
Differential splicing detection with short read tools (FLAIR diffSplice), Part 1 4 Minuten
Differential splicing detection with short read tools (FLAIR diffSplice), Part 2 8 Minuten
Differential splicing detection with short read tools (FLAIR diffSplice), Part 3 4 Minuten
Differential splicing detection with long read tools (1) (LIQA), Part 1 7 Minuten
Differential splicing detection with long read tools (1) (LIQA), Part 2 11 Minuten
Differential splicing detection with long read tools (2) (LIQA), Part 1 5 Minuten
Differential splicing detection with long read tools (2) (LIQA), Part 2 9 Minuten
Differential splicing detection with long read tools (2) (LIQA), Part 3 6 Minuten
Closing 0 Minuten

2 Aufgaben Insgesamt 140 Minuten

Module 4 Graded Project 120 Minuten
Checks for Understanding: Module 4 20 Minuten

Dozent

Liliana Florea, PhD

Johns Hopkins University

2 Kurse 36.192 Lernende

von

Johns Hopkins University

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Felipe M.

Lernender seit 2018

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Larry W.

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