在本专业的前几门课程中，我们讨论了如何对基因组进行测序和比较。在课程的前半部分，我们想了解个体的基因组与物种的 "参考基因组 "有何不同。我们的目标是从个体中提取 DNA 小片段，并将其 "映射 "到参考基因组。 我们将看到，解决这个问题的组合模式匹配算法既优雅又极其高效，所需的运行时间和内存少得惊人。 在课程的后半部分，我们将学习如何识别蛋白质的功能，即使它与已知功能的类似蛋白质相比已经发生了太多突变，以至于几乎无法辨认。 例如，在研究艾滋病病毒时就会遇到这种情况，因为这种病毒的变异速度非常快，研究人员很难对其进行研究。 最后，您将学习如何应用流行的生物信息学软件工具，运用隐马尔可夫模型将蛋白质与相关的蛋白质家族进行比较。
查找 DNA 和蛋白质中的突变（生物信息学 VI）
查找 DNA 和蛋白质中的突变（生物信息学 VI）
本课程是 生物信息学 专项课程 的一部分
位教师：Pavel Pevzner
访问权限由 Coursera Learning Team 提供
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- 获得对主题或工具的基础理解
- 通过实践项目培养工作相关技能
- 获得可共享的职业证书
该课程共有6个模块
<p>欢迎来到我们的课堂！</p><p>在这堂课上，我们将探讨以下两个核心的生物学问题（括号中显示的是解决这两个问题所需的计算方法）：</p><ol><li>我们如何定位致病突变？(<em>组合模式匹配</em>)</li><li>为什么生物学家仍未开发出艾滋病毒疫苗？ （<em>隐藏马尔可夫模型</em>）</li></ol><p>和以前的课程一样，这两章中的每一章都配有天才艺术家兰德尔-克里斯托弗（Randall Christopher）创作的生物信息学漫画，并作为专业畅销书<a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">印刷版</a>的章首。您可以在本消息底部找到第一章的漫画。</p><p><img src="https://stepic.org/media/attachments/lessons/292/chapter7_cropped.jpg" title="图片: https://stepic.org/media/attachments/lessons/292/chapter7_cropped.jpg" width="528"></p>
涵盖的内容
4个视频2篇阅读材料1个作业2个应用程序项目
<p>Welcome to week 2 of the class! </p> <p>本周，我们将介绍一种名为 Burrows-Wheeler 变换的范式；在了解它如何用于字符串压缩后，我们将证明它也是现代读映射算法的基础。
涵盖的内容
3个视频1篇阅读材料2个应用程序项目
<p>欢迎来到第 3 周课堂！</p> <p>上周，我们了解了如何将 Burrows-Wheeler 变换应用于多重模式匹配。 本周，我们将加速我们的算法，并将其推广到模式有错误的情况，这模拟了将有错误的读数映射到参考基因组的生物学问题。
涵盖的内容
4个视频1篇阅读材料1个作业2个应用程序项目
</p> <p>欢迎来到第 4 周的课堂！</p> <p>本周，我们将开始研究具有许多突变的序列（例如来自不同 HIV 株系的相关基因）的比对情况，并发现我们的序列比对问题表述不足以解决高度差异化的序列。</p> <p>为了改进我们的算法，我们将引入一种称为隐马尔可夫模型的机器学习范例，并了解动态编程如何帮助我们回答有关这些模型的问题。
涵盖的内容
5个视频2个应用程序项目
<p>欢迎来到第 5 周的课堂！</p> <p>上周，我们介绍了隐马尔可夫模型。 本周，我们将了解如何将隐马尔可夫模型应用于使用轮廓 HMM 的序列比对。 然后，我们将考虑该领域的一些高级课题，这些课题与我们在上一门课程中考虑的高级聚类方法有关。
涵盖的内容
5个视频1篇阅读材料1个作业2个应用程序项目
<p>欢迎来到第六周，也是最后一周的课堂！</p> <p>本周是应用挑战赛，我们将应用已开发的 HMM 序列比对算法。
涵盖的内容
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Felipe M.
自 2018开始学习的学生
''能够按照自己的速度和节奏学习课程是一次很棒的经历。只要符合自己的时间表和心情，我就可以学习。'
Jennifer J.
自 2020开始学习的学生
''我直接将从课程中学到的概念和技能应用到一个令人兴奋的新工作项目中。'
Larry W.
自 2021开始学习的学生
''如果我的大学不提供我需要的主题课程，Coursera 便是最好的去处之一。'
Chaitanya A.
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学生评论
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EJ
已于 Jul 31, 2021审阅
Great course! It opened my mind on the capabilities of algorithms beyond its intended purpose.
TK
已于 Jun 28, 2016审阅
One of the best specialization on Coursera. Highly recommended for anyone who wants to apply his/her programming skills to fascinating real-world problems.
RG
已于 Apr 13, 2020审阅
It was probably my favorite in this specialization (at least, out of first six).
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¹ 本课程的部分作业采用 AI 评分。对于这些作业，将根据 Coursera 隐私声明使用您的数据。