Obtenez un aperçu d'un sujet et apprenez les principes fondamentaux.
4.5
331 avis
niveau Intermédiaire
Expérience recommandée
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Niveau intermédiaire
Nous vous conseillons de suivre d'abord les cours précédents de la série, en particulier Introduction aux statistiques, mais ce n'est pas indispensable.
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Expérience recommandée
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Exécutez des diagrammes de Kaplan-Meier et des régressions de Cox dans R et interprétez les résultats
Décrire un ensemble de données à partir de zéro, en utilisant des statistiques descriptives et des méthodes graphiques simples comme première étape nécessaire à une analyse plus avancée
Décrivez et comparez quelques méthodes courantes de choix d'un modèle de régression multiple
Compétences que vous acquerrez
Catégorie : Traitement des données
Traitement des données
Catégorie : Régression logistique
Régression logistique
Catégorie : Évaluation du modèle
Évaluation du modèle
Catégorie : Santé publique
Santé publique
Catégorie : Statistiques descriptives
Statistiques descriptives
Catégorie : Analyse exploratoire des données
Analyse exploratoire des données
Catégorie : Biostatistique
Biostatistique
Catégorie : Probabilités et statistiques
Probabilités et statistiques
Catégorie : Méthodes statistiques
Méthodes statistiques
Catégorie : Tests d'hypothèses statistiques
Tests d'hypothèses statistiques
Catégorie : Modélisation statistique
Modélisation statistique
Catégorie : Modélisation prédictive
Modélisation prédictive
Catégorie : Analyse de régression
Analyse de régression
Catégorie : Analyse statistique
Analyse statistique
Outils que vous découvrirez
Catégorie : R (logiciel)
R (logiciel)
Catégorie : R Programmation
R Programmation
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Il y a 4 modules dans ce cours
Bienvenue à l'analyse de survie en R pour la santé publique ! Les trois cours précédents de cette série couvraient la pensée statistique, la corrélation, la régression linéaire et la régression logistique. Ce cours vous montrera comment effectuer une analyse de survie - ou "temps écoulé jusqu'à l'événement" - en expliquant ce que signifient des termes familiers mais trompeurs tels que hasard et censure, qui ont des significations spécifiques dans ce contexte. En utilisant le logiciel populaire et entièrement gratuit R, vous apprendrez à prendre un ensemble de données à partir de zéro, à l'importer dans R, à effectuer des analyses descriptives essentielles pour apprendre à connaître les caractéristiques et les particularités des données, et à progresser des diagrammes de Kaplan-Meier jusqu'à la régression multiple de Cox. Vous utiliserez des données simulées à partir de données réelles, désordonnées, au niveau des patients admis à l'hôpital pour insuffisance cardiaque et apprendrez à explorer les facteurs prédictifs de leur mortalité ultérieure. Vous apprendrez à tester les hypothèses des modèles et leur adéquation aux données, ainsi que quelques astuces simples pour contourner les problèmes courants que posent les données réelles de santé publique. Les vidéos et les exercices R feront l'objet de mini-questionnaires qui vous permettront de vérifier votre compréhension. Prérequis Certaines formules sont données pour faciliter la compréhension, mais il ne s'agit pas d'un cours pour lequel vous avez besoin d'un diplôme en mathématiques pour le suivre. Vous aurez besoin de connaissances numériques de base (par exemple, nous n'utiliserons pas le calcul) et d'une certaine familiarité avec les méthodes de présentation des résultats sous forme de graphiques et de tableaux. Les trois cours précédents de la série ont expliqué des concepts tels que les tests d'hypothèse, les valeurs p, les intervalles de confiance, la corrélation et la régression, et ont montré comment installer R et exécuter des commandes de base. Dans ce cours, nous récapitulerons brièvement toutes ces idées fondamentales, mais si elles ne vous sont pas familières, vous préférerez peut-être suivre le premier cours en particulier, Pensée statistique en santé publique, et peut-être aussi le deuxième, sur la régression linéaire, avant de vous lancer dans celui-ci.
Qu'est-ce que l'analyse de survie ? Vous verrez ce que c'est, quand l'utiliser et comment exécuter et interpréter la méthode descriptive d'analyse de survie la plus courante, le diagramme de Kaplan-Meier et son test log-rank associé pour comparer la survie de deux groupes de patients ou plus, par exemple ceux qui suivent des traitements différents. Vous apprendrez le concept clé de la censure.
Inclus
4 vidéos11 lectures3 devoirs2 sujets de discussion1 plugin
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4 vidéos•Total 16 minutes
Bienvenue au cours•3 minutes
Qu'est-ce que l'analyse de survie ?•4 minutes
Graphique KM et test Log-rank•4 minutes
Qu'est-ce que l'insuffisance cardiaque et comment exécuter un tracé KM dans R ?•4 minutes
11 lectures•Total 123 minutes
À propos de l'Imperial College et de l'équipe•10 minutes
Comment réussir ce cours•10 minutes
Politique de notation•10 minutes
Ensemble de données et glossaire•10 minutes
Lectures complémentaires•10 minutes
Tables de mortalité•20 minutes
Retour d'information : Tables de mortalité•10 minutes
L'ensemble des données de cours•20 minutes
Retour d'information : Exécution d'un graphique KM et d'un test log-rank•3 minutes
Entraînez-vous avec R : Exécutez un autre diagramme KM et un test log-rank•10 minutes
Feedback : Exécution d'un autre diagramme KM et d'un test log-rank•10 minutes
3 devoirs•Total 80 minutes
Analyse de survie Variables•30 minutes
Pratique en R : Exécution d'un graphique KM et d'un test log-rank•20 minutes
Tables de mortalité•30 minutes
2 sujets de discussion•Total 20 minutes
Enchanté de vous rencontrer !•10 minutes
Partagez et réfléchissez : Quelle expérience avez-vous de l'analyse de survie ?•10 minutes
1 plugin•Total 15 minutes
Répondez à notre courte enquête préalable à la formation•15 minutes
Le modèle de Cox
Module 2•2 heures à terminer
Détails du module
Cette semaine, vous apprendrez à connaître la méthode d'analyse de survie la plus couramment utilisée pour incorporer non pas un mais plusieurs prédicteurs de survie : la modélisation par régression des risques proportionnels de Cox. Vous apprendrez les concepts clés des risques et de l'ensemble des risques. À partir de maintenant et jusqu'à la fin de ce cours, vous aurez de nombreuses occasions d'exécuter des modèles de Cox sur des données simulées à partir de dossiers réels de patients admis à l'hôpital pour insuffisance cardiaque. Vous verrez pourquoi les données manquantes et les variables catégorielles peuvent poser des problèmes dans les modèles de régression tels que celui de Cox.
Inclus
3 vidéos4 lectures2 devoirs1 sujet de discussion
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3 vidéos•Total 18 minutes
Introduction au modèle de Cox•5 minutes
Comment exécuter un modèle de Cox simple dans R•7 minutes
Introduction aux données manquantes•6 minutes
4 lectures•Total 80 minutes
Fonction de danger et ensemble de risques•20 minutes
Pratique en R : Modèle de Cox simple•30 minutes
Retour d'expérience : Modèle simple de Cox•10 minutes
Pour en savoir plus•20 minutes
2 devoirs•Total 20 minutes
Modèle de Cox simple•15 minutes
Fonction de risque et ratio•5 minutes
1 sujet de discussion•Total 15 minutes
Partagez et réfléchissez : Modèle simple de Cox•15 minutes
Le modèle multiple de Cox
Module 3•2 heures à terminer
Détails du module
Vous étendrez le modèle de Cox simple au modèle de Cox multiple. En guise de préparation, vous exécuterez les statistiques descriptives essentielles sur vos principales variables. Vous verrez ensuite ce qui peut se produire avec des données de santé publique réelles et apprendrez quelques astuces simples pour résoudre le problème.
Inclus
1 vidéo7 lectures1 devoir2 sujets de discussion
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1 vidéo•Total 6 minutes
Interprétation des résultats du modèle de Cox multiple•6 minutes
7 lectures•Total 105 minutes
Introduction aux descriptifs de course•10 minutes
Pratique en R : Apprendre à connaître vos données•30 minutes
Retour d'information : Apprendre à connaître vos données•10 minutes
Comment exécuter un modèle de Cox multiple dans R•20 minutes
Introduction à la non-convergence•10 minutes
Pratique : Résoudre le problème de non-convergence•10 minutes
Retour d'information sur la correction d'un modèle non convergent•15 minutes
1 devoir•Total 10 minutes
Modèle multiple de Cox•10 minutes
2 sujets de discussion•Total 25 minutes
Partager et réfléchir : Apprendre à connaître vos données•15 minutes
Pratique en R : Exécution d'un modèle de Cox multiple qui ne converge pas•10 minutes
L'hypothèse de proportionnalité
Module 4•3 heures à terminer
Détails du module
Dans cette dernière partie du cours, vous apprendrez à évaluer l'adéquation du modèle et à tester la validité des principales hypothèses impliquées dans la régression de Cox, telles que les risques proportionnels. Cela couvrira trois types de résidus. Enfin, vous vous entraînerez à ajuster un modèle de régression de Cox multiple et devrez décider quels prédicteurs inclure et lesquels abandonner, un défi omniprésent pour les personnes qui ajustent n'importe quel type de modèle de régression.
Inclus
3 vidéos7 lectures3 devoirs1 sujet de discussion1 plugin
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3 vidéos•Total 11 minutes
Comment évaluer l'adéquation du modèle de Cox•4 minutes
Hypothèse des risques proportionnels de Cox•5 minutes
Résumé du cours•3 minutes
7 lectures•Total 80 minutes
Vérification de l'hypothèse de proportionnalité•10 minutes
Retour d'information sur le questionnaire pratique•10 minutes
Que faire si l'hypothèse de proportionnalité n'est pas respectée ?•20 minutes
Comment choisir les prédicteurs d'un modèle de régression ?•20 minutes
Pratique en R : Exécution d'un modèle de Cox multiple•0 minutes
Résultats de l'exercice de sélection de modèles et d'élimination à rebours•10 minutes
Code final•10 minutes
3 devoirs•Total 40 minutes
Évaluer l'hypothèse de proportionnalité dans la pratique•5 minutes
Tester l'hypothèse de proportionnalité avec une autre variable•15 minutes
Évaluation de fin de module•20 minutes
1 sujet de discussion•Total 10 minutes
Problèmes rencontrés lors de l'exercice de sélection du modèle•10 minutes
1 plugin•Total 15 minutes
Enquête post-cours•15 minutes
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Felipe M.
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’Pouvoir suivre des cours à mon rythme à été une expérience extraordinaire. Je peux apprendre chaque fois que mon emploi du temps me le permet et en fonction de mon humeur.’
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Larry W.
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’Apprendre, ce n'est pas seulement s'améliorer dans son travail : c'est bien plus que cela. Coursera me permet d'apprendre sans limites.’
Avis des étudiants
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Y
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Révisé le 21 nov. 2019
The final quiz is a little bit confusing ,pls provide detailed feedback on it so we can learn further even we did not pass it.
S
SP
5·
Révisé le 6 nov. 2019
Excellent course. Definitely a MUST DO if you would like to learn statistics in RStudio.
F
FA
5·
Révisé le 21 juil. 2019
Very nice introductory course on survival analysis in R. Exercises were well designed.
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