Souvent, la fonction des gènes qui sont coexprimés avec un gène de fonction inconnue peut nous donner des indications sur la fonction de ce gène. Les chercheurs utilisent désormais souvent les analyses de coexpression comme "écrans primaires" pour identifier de "nouveaux" gènes dans les voies biologiques (quelques exemples sont décrits dans Usadel et al., 2009). Un autre aspect intéressant est de savoir si les promoteurs de ces ensembles de gènes coexprimés contiennent des motifs cis-régulateurs communs. Dans la partie A, nous explorerons les gènes qui sont coexprimés avec At3g20300, et dans la partie B, nous rechercherons des motifs de régulation communs.

L'analyse de l'enrichissement de l'ontologie des gènes pour un ensemble de gènes coexprimés est souvent utile pour comprendre ce que fait ce groupe de gènes. En effectuant de telles analyses avec un ensemble de gènes coexprimés, pouvons-nous déduire un rôle pour notre gène de fonction inconnue ? Nous étudierons cet aspect dans la partie A, ainsi que les voies potentielles dans lesquelles la liste de gènes est impliquée. Dans la partie B, nous utiliserons d'autres outils de réseau pour étudier les liens supplémentaires avec d'autres gènes, au-delà de ceux suggérés par la coexpression. Il est parfois utile de les étudier également ! Une fois encore, nous utiliserons At3g20300 comme exemple.

Nous allons maintenant reprendre les analyses ci-dessus et synthétiser les informations qu'elles contiennent dans un projet de rapport de laboratoire/essai décrivant la fonction putative de notre gène d'intérêt dont la fonction est inconnue. Nous nous appuierons sur la littérature pour décrire ce que l'on sait des gènes apparentés et nous proposerons des expériences pour tester nos hypothèses sur la fonction potentielle de notre gène.

Sur la base des commentaires des pairs, nous peaufinerons notre projet pour soumettre un rapport final ! Le rapport doit comporter environ 13 à 15 pages (en double interligne), y compris les figures, qui doivent être incluses en ligne. Le nombre de pages n'inclut pas les méthodes ni les références (voir l'exemple de rédaction pour le format).