Bioinformatics Methods for Transcriptomics

Ce cours n'est pas disponible en Français (France)

Nous sommes actuellement en train de le traduire dans plus de langues.

Bioinformatics Methods for Transcriptomics

Instructeur : Liliana Florea, PhD

4 522 déjà inscrits

Inclus avec

4 modules

Obtenez un aperçu d'un sujet et apprenez les principes fondamentaux.

niveau Intermédiaire

Certaines connaissances prérequises

2 semaines à compléter

à 10 heures par semaine

Planning flexible

Apprenez à votre propre rythme

4 modules

Obtenez un aperçu d'un sujet et apprenez les principes fondamentaux.

niveau Intermédiaire

Certaines connaissances prérequises

2 semaines à compléter

à 10 heures par semaine

Planning flexible

Apprenez à votre propre rythme

Compétences que vous acquerrez

Catégorie : Bioinformatics
Catégorie : Molecular Biology
Catégorie : Data Visualization Software
Catégorie : Statistical Analysis

Outils que vous découvrirez

Catégorie : Command-Line Interface
Catégorie : Linux

Détails à connaître

Certificat partageable

Ajouter à votre profil LinkedIn

Évaluations

8 devoirs

Enseigné en Anglais

Découvrez comment les employés des entreprises prestigieuses maîtrisent des compétences recherchées

En savoir plus sur Coursera pour les affaires

logos de Petrobras, TATA, Danone, Capgemini, P&G et L'Oreal

Il y a 4 modules dans ce cours

This course will cover bioinformatics methods for analyzing transcriptomic RNA sequencing data generated with the short read (RNA-seq) and long read (PacBio, ONT) sequencing. In its four modules, the course addresses the core transcriptomics questions: What are the genes and transcripts expressed in a given sample or condition of an experiment?, What are their expression levels?, and What are the differences in gene expression and splicing patterns between conditions? It provides hands-on instruction on how to use popular and/or emerging tools such as STAR, PsiCLASS, DESeq2, rMATS, MntJULiP, Minimap2 and IsoQuant. This is an intermediate level course, and assumes basic knowledge on using command line bioinformatics tools in a Unix-type environment.

Inclus

13 vidéos5 lectures2 devoirs

13 vidéos Total 106 minutes

Course Introduction 6 minutes
Gene expression analysis of RNA-seq data 3 minutes
Step 1: Downloading and Preparing the Data 9 minutes
Step 2: Aligning the RNA-seq reads 11 minutes
Step 3: Assembling the Genes and Transcripts, Part 1 11 minutes
Step 3: Assembling the Genes and Transcripts, Part 2 11 minutes
Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 1 3 minutes
Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 2 11 minutes
Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 3 6 minutes
Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 4 10 minutes
Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 5 13 minutes
Step 5: Visualizing the Data, Part 1 4 minutes
Step 5: Visualizing the Data, Part 2 9 minutes

5 lectures Total 45 minutes

Course Syllabus 10 minutes
Virtual Environment Setup 10 minutes
Coursera Manual and Technical Support 10 minutes
List of software packages 10 minutes
Forums for Module or Technical Questions 5 minutes

2 devoirs Total 140 minutes

Module 1 Graded Project 120 minutes
Checks for Understanding: Module 1 20 minutes

Inclus

24 vidéos2 devoirs

24 vidéos Total 155 minutes

Introduction to alternative splicing (AS) analysis, Part 1 9 minutes
Introduction to alternative splicing (AS) analysis, Part 2 4 minutes
Introduction to alternative splicing (AS) analysis, Part 3 2 minutes
Step 1: Preparing the input data 2 minutes
Step 2: Isoform-level analysis with Cuffdiff2 11 minutes
Step 3: Event-level analysis with rMATS, Part 1 10 minutes
Step 3: Event-level analysis with rMATS, Part 2 3 minutes
Step 3: Event-level analysis with rMATS, Part 3 8 minutes
Step 4A: Intron-level analysis with MntJULiP, Part 1 10 minutes
Step 4A: Intron-level analysis with MntJULiP, Part 2 8 minutes
Step 4A: Intron-level analysis with MntJULiP, Part 3 5 minutes
Step 4A: Intron-level analysis with MntJULiP, Part 4 7 minutes
Step 4B: Intron-level analysis with MntJULiP II 8 minutes
Step 5A: Intron retention analysis with IRFinder, Part 1 5 minutes
Step 5A: Intron retention analysis with IRFinder, Part 2 2 minutes
Step 5A: Intron retention analysis with IRFinder, Part 3 9 minutes
Step 5B: Intron retention analysis with IRFinder II, Part 1 8 minutes
Step 5B: Intron retention analysis with IRFinder II, Part 2 5 minutes
Step 6A: AS visualization with IGV and Jutils I, Part 1 5 minutes
Step 6A: AS visualization with IGV and Jutils I, Part 2 7 minutes
Step 6B: AS visualization with Jutils II, Part 1 9 minutes
Step 6B: AS visualization with Jutils II, Part 2 5 minutes
Step 6B: AS visualization with Jutils II, Part 3 7 minutes
Step 6B: AS visualization with Jutils II, Part 4 6 minutes

2 devoirs Total 140 minutes

Module 2 Graded Project 120 minutes
Checks for Understanding: Module 2 20 minutes

Inclus

14 vidéos2 devoirs

14 vidéos Total 105 minutes

Introduction to transcriptomics with long RNA sequencing reads 6 minutes
Preparing the input sequence data 5 minutes
Aligning the long RNA sequencing reads, Part 1 9 minutes
Aligning the long RNA sequencing reads, Part 2 6 minutes
Building transcript models with FLAIR (align) 10 minutes
Building transcript models with FLAIR 8 minutes
Building transcript models with FLAIR (collapse), Part 1 7 minutes
Building transcript models with FLAIR (collapse), Part 2 11 minutes
Building transcript models with FLAIR (quantify) 6 minutes
Building transcript models with IsoQuant, Part 1 10 minutes
Building transcript models with IsoQuant, Part 2 5 minutes
Building transcript models with IsoQuant, Part 3 9 minutes
Visualizing transcript data with the IGV, Part 1 4 minutes
Visualizing transcript data with the IGV, Part 2 10 minutes

2 devoirs Total 140 minutes

Module 3 Graded Project 120 minutes
Checks for Understanding: Module 3 20 minutes

Inclus

15 vidéos2 devoirs

15 vidéos Total 108 minutes

Introduction to differential expression and splicing analysis with long read RNA sequencing 8 minutes
Preparing the data - a review 4 minutes
Differential gene and transcript expression (DESeq2), Part 1 12 minutes
Differential gene and transcript expression (DESeq2), Part 2 9 minutes
Differential splicing detection with short read tools (FLAIR drimSeq and DESeq2), Part 1 11 minutes
Differential splicing detection with short read tools (FLAIR drimSeq and DESeq2), Part 2 9 minutes
Differential splicing detection with short read tools (FLAIR diffSplice), Part 1 4 minutes
Differential splicing detection with short read tools (FLAIR diffSplice), Part 2 8 minutes
Differential splicing detection with short read tools (FLAIR diffSplice), Part 3 4 minutes
Differential splicing detection with long read tools (1) (LIQA), Part 1 7 minutes
Differential splicing detection with long read tools (1) (LIQA), Part 2 11 minutes
Differential splicing detection with long read tools (2) (LIQA), Part 1 5 minutes
Differential splicing detection with long read tools (2) (LIQA), Part 2 9 minutes
Differential splicing detection with long read tools (2) (LIQA), Part 3 6 minutes
Closing 0 minutes

2 devoirs Total 140 minutes

Module 4 Graded Project 120 minutes
Checks for Understanding: Module 4 20 minutes

Instructeur

Liliana Florea, PhD

Johns Hopkins University

2 Cours 36 192 apprenants

Offert par

Johns Hopkins University

En savoir plus sur Health Informatics

Johns Hopkins University
Command Line Tools for Genomic Data Science
Cours
University of Toronto
Plant Bioinformatics
Cours
Fred Hutchinson Cancer Center
Researcher's guide to RNA sequencing data
Cours
University of Toronto
Plant Bioinformatic Methods
Spécialisation

Pour quelles raisons les étudiants sur Coursera nous choisissent-ils pour leur carrière ?

Felipe M.

Étudiant(e) depuis 2018

’Pouvoir suivre des cours à mon rythme à été une expérience extraordinaire. Je peux apprendre chaque fois que mon emploi du temps me le permet et en fonction de mon humeur.’

Jennifer J.

Étudiant(e) depuis 2020

’J'ai directement appliqué les concepts et les compétences que j'ai appris de mes cours à un nouveau projet passionnant au travail.’

Larry W.

Étudiant(e) depuis 2021

’Lorsque j'ai besoin de cours sur des sujets que mon université ne propose pas, Coursera est l'un des meilleurs endroits où se rendre.’

Chaitanya A.

’Apprendre, ce n'est pas seulement s'améliorer dans son travail : c'est bien plus que cela. Coursera me permet d'apprendre sans limites.’

Ouvrez de nouvelles portes avec Coursera Plus

Accès illimité à 10,000+ cours de niveau international, projets pratiques et programmes de certification prêts à l'emploi - tous inclus dans votre abonnement.

Faites progresser votre carrière avec un diplôme en ligne

Obtenez un diplôme auprès d’universités de renommée mondiale - 100 % en ligne

Découvrir les diplômes

Rejoignez plus de 3 400 entreprises mondiales qui ont choisi Coursera pour les affaires

Améliorez les compétences de vos employés pour exceller dans l’économie numérique

Foire Aux Questions

To access the course materials, assignments and to earn a Certificate, you will need to purchase the Certificate experience when you enroll in a course. You can try a Free Trial instead, or apply for Financial Aid. The course may offer 'Full Course, No Certificate' instead. This option lets you see all course materials, submit required assessments, and get a final grade. This also means that you will not be able to purchase a Certificate experience.

When you purchase a Certificate you get access to all course materials, including graded assignments. Upon completing the course, your electronic Certificate will be added to your Accomplishments page - from there, you can print your Certificate or add it to your LinkedIn profile.

Yes. In select learning programs, you can apply for financial aid or a scholarship if you can’t afford the enrollment fee. If fin aid or scholarship is available for your learning program selection, you’ll find a link to apply on the description page.