Bien que la recherche de motifs EXACTS à l'aide d'arbres suffixes soit rapide, la manière d'utiliser les arbres suffixes pour la recherche de motifs APPROXIMATIFS n'est pas claire. En 1994, Michael Burrows et David Wheeler ont inventé un algorithme ingénieux de compression de texte, aujourd'hui connu sous le nom de transformation Burrows-Wheeler. Ils ne connaissaient rien à la génomique et ne pouvaient pas imaginer que, 15 ans plus tard, leur algorithme deviendrait le cheval de bataille des biologistes à la recherche de mutations génomiques. Mais quel est le rapport entre la compression de texte et la recherche de motifs ? Dans cette leçon, vous apprendrez que le destin d'un algorithme est souvent difficile à prédire - ses applications peuvent apparaître dans un domaine qui n'a rien à voir avec le projet initial de ses inventeurs.

Félicitations, vous avez maintenant appris les concepts clés de la recherche de motifs : les essais, les arbres de suffixes, les tableaux de suffixes et même la transformation de Burrows-Wheeler ! Cependant, certains des résultats mentionnés par Pavel restent mystérieux : par exemple, comment pouvons-nous effectuer une comparaison exacte de motifs en O(|Texte|) temps plutôt qu'en O(|Texte|*|Motif|) temps comme dans l'algorithme naïf de force brute ? Comment se fait-il que la comparaison d'un motif de 1000 nucléotides avec le génome humain soit presque aussi rapide que la comparaison d'un motif de 3 nucléotides ? Dans ce module, Miсhael abordera certains défis algorithmiques que Pavel a essayé de vous cacher :) tels que l'algorithme de Knuth-Morris-Pratt pour l'appariement exact de motifs et des algorithmes plus efficaces pour la construction d'arbres et de tableaux de suffixes.

Dans ce module, nous continuons à étudier les défis algorithmiques des algorithmes de chaînes de caractères. Vous apprendrez un algorithme O(n log n) pour la construction d'un tableau de suffixes et un algorithme en temps linéaire pour la construction d'un arbre de suffixes à partir d'un tableau de suffixes. Vous implémenterez également ces algorithmes et l'algorithme de Knuth-Morris-Pratt dans le dernier devoir de programmation de ce cours.