<p>Willkommen zu Woche 2 des Kurses!</p> <p>In der letzten Woche haben wir gesehen, wie uns eine Tour durch Manhattan und das Wechselgeld in einem römischen Laden dabei helfen, die längste gemeinsame Teilsequenz von zwei DNA- oder Proteinstrings zu finden.</p> <p>In dieser Woche werden wir untersuchen, wie wir eine Ausrichtung mit der höchsten Punktzahl zwischen zwei Strings finden. Wir werden sehen, dass wir unabhängig von den zugrundeliegenden Annahmen darüber, wie die Strings ausgerichtet werden sollten, unser Ausrichtungsproblem als eine Instanz der Suche nach dem längsten Pfad in einem gerichteten azyklischen Graphen formulieren können.</p>

<p>Willkommen zu Woche 3 des Kurses!</p> <p>Letzte Woche haben wir gesehen, wie eine Vielzahl verschiedener Anwendungen des Sequenzabgleichs darauf reduziert werden kann, den längsten Pfad in einem Manhattan-ähnlichen Graphen zu finden.</p> <p>In dieser Woche werden wir das aktuelle Kapitel abschließen, indem wir einige fortgeschrittene Themen des Sequenzabgleichs betrachten. Wenn wir zum Beispiel lange Strings abgleichen müssen, verbraucht unser aktueller Algorithmus eine riesige Menge an Speicher. Können wir einen speichereffizienteren Ansatz finden? Und was sollten wir tun, wenn wir von der Ausrichtung von nur zwei Strings zu vielen Strings übergehen?</p>>

<p>Willkommen zu Woche 4 des Kurses!</p> <p>Sie wissen jetzt, wie man zwei DNA- (oder Protein-) Stränge vergleicht. &nbsp;Aber was, wenn wir ganze Genome vergleichen wollen? Wenn wir auf die Genomebene "herauszoomen", stellen wir fest, dass Substitutionen, Insertionen und Deletionen nicht die ganze Geschichte der Evolution erzählen: Wir müssen dramatischere evolutionäre Ereignisse modellieren, die als <strong>Genomumlagerungen</strong> bekannt sind, bei denen Chromosomen auseinandergerissen und in einer neuen Reihenfolge wieder zusammengefügt werden. Eine naheliegende Frage ist, ob es in Ihrem Genom "fragile Regionen" gibt, in denen Chromosomenbrüche im Laufe der Jahrmillionen häufiger aufgetreten sind. In dieser Woche beginnen wir mit dieser Frage, indem wir uns fragen, wie wir die Anzahl der Umlagerungen auf dem Evolutionspfad zwischen zwei Arten berechnen können.</p> <p>Den Bioinformatik-Cartoon dieser Woche von Randall Christopher finden Sie unten in dieser E-Mail. Was haben Erdbeben und ein Stapel Pfannkuchen mit der Evolution der Arten zu tun? Lernen Sie weiter, um es herauszufinden!</p> <p><img width="528" src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/rearrangements_cropped.jpg"></p>

<p>In der letzten Woche haben wir die Frage gestellt, ob es fragile Regionen im menschlichen Genom gibt. Dann haben wir einen längeren Abstecher gemacht, um zu sehen, wie man einen Abstand zwischen Genomen von Spezies berechnet, eine Diskussion, die wir diese Woche fortsetzen werden.</p> <p>Es ist wahrscheinlich unklar, wie die Berechnung des Abstands zwischen zwei Genomen uns helfen kann zu verstehen, ob <em>fragile Regionen</em> existieren. Wenn ja, bleiben Sie dran - wir werden sehen, dass die Verbindung zwischen diesen beiden Konzepten zu einer überraschenden Schlussfolgerung für die Klasse führen wird.</p> <p>

In der sechsten und letzten Woche des Kurses werden wir Algorithmen zum Sequenz-Alignment anwenden, um auf den nicht-ribosomalen Code zu schließen.